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目前對轉基因食品的檢測按原理主要分為針對外源蛋白質和針對外源dna兩種鑑定技術。
外源蛋白質的測定
即從蛋白質水平對轉基因食品進行檢測，實際應用中主要採用的是免疫學檢測法，即western雜交、酶聯免疫吸附法(elisa)和試紙條法。免疫學檢測法可以檢測具有抗原性的蛋白質類表達產物的存在，它是通過抗原抗體特異反應來實現的。
western雜交 western雜交是將蛋白質電泳、印跡、免疫測定融為一體的特異蛋白質檢測方法，具有很高的靈敏性，可以從植物細胞總蛋白中檢測出50ng的特異蛋白。western雜交檢測的關鍵是抗體的製備。
酶聯免疫吸附法 elisa建立了固-液抗原抗體反應體系，並採用酶標記，抗體與抗原的結合通過酶反應來檢測。由於酶的放大作用，使測定的靈敏度極高，可檢測出1pg的目標物，同時酶反應還具有很強的特異性。它的檢測原理和過程基本與western雜交檢測相似。
試紙條法 此法是在最近15年發展起來的，之前主要用於醫學領域。與elisa相似，這種測定方法是將特異的抗體交聯到試紙條上和有顏色的物質上，當紙上抗體和特異抗原結合後，再和帶有顏色的特異抗體進行反應，就形成了帶有顏色的三明治結構，並且固定在試紙條上，如果沒有抗原，則沒有顏色。因此整個操作相對簡單一些。
目前市場上也出現了一些此類測試的試紙盒。
外源蛋白質檢測法快速，具有一定的靈敏度，也能進行半定量，尤其是試紙條法，不需要特殊的儀器裝置，適用於現場檢驗或初篩。但外源蛋白質檢測法有三方面的侷限性：(1)由於抗原抗體反應的專一性，每種轉基因產品都要開發和建立專門的檢測試劑和方法，而轉基因產品種類繁多，要建立所有轉基因產品的蛋白質檢測法工作量很大;(2)對於加工過的轉基因食品，其蛋白質很容易被破壞，從而影響檢測結果的準確行;(3)有些插入基因還具有表達部位特異性，這些金銀的表達並不像dna那樣存在轉基因作物的任何部位，甚至有的轉基因產品的插入基因根本不表達或表達量很低。
這些都會影響檢測結果。
外源dna的檢測
目前對於外源基因的檢測主要是通過對轉入的外源基因進行pcr擴增，然後進行紫外或螢光檢測。pcr技術全稱「聚合酶鏈反應技術」，是一種在體外由引物引導的dna聚合酶催化的聚合反應，能在短時間內準確地將目的序列大量複製。在轉基因食品檢測方面，主要是用於從dna即基因水平來鑑定被測食品。
由於它的快速、靈敏、費用低、檢測僅需微量的dna並且可以同時檢測多個樣品，正成為這一領域日趨成熟的方法之一。
定性pcr 轉基因食品重組dna的基本機構包括啟動子、目的基因、終止子和標記基因。由於目的基因種類繁多，所以先用轉基因食品最常用的轉錄啟動子camv35s、轉錄終止子nos及抗生素抗體基因nptii三個序列來設計引物進行pcr反應，對結果陽性者可再檢測目的基因。
定量pcr pcr反應具有高度特異性和敏感性，但對實驗技術的要求很高，其結果易受許多因素的干擾而產生誤差，一般pcr只用作轉基因食品的定性篩選檢測。針對所存在的問題，研究人員在實驗設計中引入內部參照反應，以消除檢測時的干擾，並與已知含量的序列gmo標準樣的pcr結果進行比較，從而可以半定量地檢測待測樣品的gmo含量。
近年來定量競爭pcr和實時螢光定量pcr都已用於轉基因食品的定量檢測。競爭性定量的基本原理是用人工設計的競爭模板以不同稀釋度與標本共同擴增，以競爭模板的稀釋度和結果做標準曲線，判斷標本中待測核酸的量。
實時螢光pcr技術是指在pcr反應體系中加入螢光基團，利用螢光訊號積累實時檢測整個pcr程序，最後通過標準曲線對未知模板進行定量的方法。這種檢測方法採用獨特全封閉反應，只須在加樣時開啟一次蓋子，減少了汙染，具有高度的靈敏性。
pcr-elisa 這是一種將pcr的高效性與elisa高特異性結合在一起的檢測方法，它利用地高辛或生物素等標記引物，將pcr擴增產物與固相板上特異的探針結合，再加入抗地高辛或生物素的酶標抗體-辣根過氧化物酶結合物，最後使底物顯色，在酶標儀上讀取數值。利用pcr-elisa法對轉基因大豆檢測，靈敏度比歐盟推薦的pcr方法高5-10倍。它快速方便，避免了有毒物質eb的使用，適合大批量自動檢測。
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