1樓：永恆組
chip 的一般流程：
甲醛處理細胞---收集細胞，超聲破碎---加入目的蛋白的抗體，與靶蛋白-dna複合物相互結合---加入proteina，結合抗體-靶蛋白-dna複合物，並沉澱---對沉澱下來的複合物進行清洗，除去一些非特異性結合---洗脫，得到富集的靶蛋白-dna複合物---解交聯，純化富集的dna-片斷---pcr分析。
在pcr分析這一塊，比較傳統的做法是半定量-pcr。但是現在隨著螢光定量pcr的普及，大家也越來越傾向於q-pcr了。此外還有一些由chip衍生出來的方法。
例如rip（其實就是用chip的方法研究細胞內蛋白與rna的相互結合，具體方法和chip差不多，只是實驗過程中要注意防止rnase，最後分析的時候需要先將rna逆轉錄成為cdna）；還有chip-chip（其實就是chip富集得到的dna-片段，拿去做晶元分析，做法在chip的基礎上有所改變，不同的公司有不同的做法，要根據公司的要求來準備樣品）。
具體操作流程：
第一天：
（一）、細胞的甲醛交聯與超聲破碎。
1、取出1平皿細胞（10cm平皿），加入243 ul 37%甲醛，使得甲醛的終濃度為1%（培養基共有9ml）。
2、37攝氏度孵育10min。
3、終止交聯：加甘氨酸至終濃度為0.125m。450 ul 2.5m甘氨酸於平皿中。混勻後，在室溫下放置5min即可。
4、吸盡培養基，用冰冷的pbs清洗細胞2次。
5、細胞刮刀收集細胞於15ml離心管中（pbs依次為5ml，3ml和3ml）。預冷後2000rpm 5min收集細胞。
6、倒去上清。按照細胞量，加入sds lysis buffer。使得細胞終濃度為每200ul含2×106個細胞。
這樣每100ul溶液含1×106個細胞。再加入蛋白酶抑制劑複合物。假設mcf7長滿板為5×106個細胞。
本次細胞長得約為80%。即為4×106個細胞。因此每管加入400ul sds lysis buffer。
將2管混在一起，共800ul。
7、超聲破碎：vcx750，25%功率，4.5s衝擊，9s間隙。共14次。
（二）、除雜及抗體哺育。
8、超聲破碎結束後，10000g 4℃離心10min。去除不溶物質。
留取300ul做實驗，其餘儲存於-80℃。
300ul中，100ul加抗體做為實驗組；100ul不加抗體做為對照組；100ul加入4ul5mnacl（nacl終濃度為0.2m），65℃處理3h解交聯，跑電泳，檢測超聲破碎的效果。
9、在100ul的超聲破碎產物中，加入900ul chip dilution buffer和20ul的50×pic。
再各加入60ul proteina agarose/salmon sperm dna。4℃顛轉混勻1h。
10、1h後，在4℃靜置10min沉澱，700rpm離心1min。
11、取上清。各留取20ul做為input。一管中加入1ul抗體，另一管中則不加抗體。4℃顛轉過夜。
（三）、檢驗超聲破碎的效果。
取100ul超聲破碎後產物，加入4ul 5m nacl，65℃處理2h解交聯。分出一半用酚/氯仿抽提。電泳檢測超聲效果。
第二天：
（一）、免疫複合物的沉澱及清洗。
12、孵育過夜後，每管中加入60ul proteina agarose/salmon sperm dna。4℃顛轉2h。
13、4℃靜置10min後，700rpm離心1min。除去上清。
14、依次用下列溶液清洗沉澱複合物。清洗的步驟：加入溶液，在4℃顛轉10min，4℃靜置10min沉澱，700rpm離心1min，除去上清。
洗滌溶液：a.low salt wash buffer-one wash
b.highsalt wash buffer-one wash
c.licl wash buffer-one wash
d.te buffer-two wash
15、清洗完畢後，開始洗脫。洗脫液的配方：100ul10%sds，100ul 1mnahco3，800ul ddh2o，共1ml。
每管加入250ul洗脫buffer，室溫下顛轉15min，靜置離心後，收集上清。重複洗滌一次。最終的洗脫液為每管500ul。
16、解交聯：每管中加入20ul 5m nacl（nacl終濃度為0.2m）。
混勻，65℃解交聯過夜。
第三天：
（一）、dna樣品的**
17、解交聯結束後，每管加入1ul rnasea（mbi），37℃孵育1h。
18、每管加入10ul 0.5medta，20ul 1mtris.hcl（ph6.5），2ul 10mg/ml蛋白酶k。
45℃處理2h。
19、dn**段的**----omega膠**試劑盒。最終的樣品溶於100ul ddh2o。
（二）、pcr分析
什麼是染色質免疫共沉澱技術（chip）？
2樓：一碗湯
染色質免疫共沉澱技術是在保持組蛋白和dna聯合的同時，通過運用對應於乙個特定組蛋白標記的生物抗體，染色質被切成很小的片斷，並沉澱下來的技術。
這項技術主要用來分析目標基因有沒有活性、或者分析一種已知蛋白**錄因子）的靶基因有哪些。該技術主要應用於以下幾方面：
1.組蛋白修飾酶的抗體作為「生物標記」
2.轉錄調控分析
3.藥物開發研究
4.有絲**研究
5.dna損失與凋亡分析
擴充套件資料：
實驗步驟：
1、細胞固定
甲醛能有效的使蛋白質-蛋白質，蛋白質-dna，蛋白質-rna交聯，形成生物複合體，防止細胞內組分的重新分布。甲醛的交聯反應是完全可逆的，便於在後續步驟中對dna和蛋白質進行分析。交聯所用的甲醛終濃度為1%，交聯時間通常為5分鐘到1個小時，具體時間根據實驗而定。
值得注意的是，交聯時間如果過長，細胞染色質難以用超聲波破碎，影響chip結果，而且實驗材料也容易在離心過程中丟失。交聯時間如果過短，則交聯不完全，產生假陰性。甲醛的交聯反應可被加入的甘氨酸終止。
2、染色質斷裂
交聯後的染色質可被超聲波或micrococcal nuclease切成400~600 bp的片段（用瓊脂糖凝膠電泳檢測），以便暴露目標蛋白，利於抗體識別。超聲波是使用機械力斷裂染色質，容易引起公升溫或產生泡沫，這都會引起蛋白質變性，進而影響chip的效率。
所以在超聲波斷裂染色質時，要在冰上進行，且要設計時斷時續的超聲程式，保證低溫。另外，超聲探頭要盡量深入管中，但不接觸管底或側壁，以免產生泡沫。總超聲時間也不要太長，以免蛋白降解。
技術應用：
1、micrococcal nuclease可以將染色質切成一到幾個核小體，比超聲波處理的結果更精緻，更均一。另外，酶反應的條件比較溫和，對dna和dna-蛋白複合物的損傷較小，而且蛋白不易變性。酶處理染色質適用於新鮮的細胞或組織樣品和冰凍樣品。
在研究組蛋白時，經常採用沒經過甲醛固定的native chip（n-chip）的研究方法。
因為n-chip沒經過甲醛固定，超聲波處理會打斷組蛋白和dna的結合，所以只能選擇酶處理染色質的方法。對於甲醛固定的樣品，一般選擇超聲波處理方法。也有研究人員使用酶處理的方法研究甲醛固定較溫和的樣品。
2、染色質免疫沉澱的dna適用於多種分析方法。如果目的蛋白的靶序列是已知的或需要驗證的，可採用狹縫雜交（slot blot）的方法，把靶序列特異性探針與染色質免疫沉澱的dna雜交，來驗證目的蛋白與dna靶序列的特異性結合。
還可以根據靶序列設計引物，用半定量pcr的方法進行測定，或採用real-time pcr方法進行定量分析。如果目的蛋白的靶序列是未知的或高通量的（high-throughput），可採用southern雜交。但因為免疫沉澱的dna量較少，所以在研究時通常要用pcr方法擴增dna探針，再進行整個基因組掃瞄。
3、目前，隨著人類基因組測序工作的基本完成，研究目的蛋白和整個基因組的相互作用逐漸成為研究的熱點。由於基因組中的資訊量非常大，上述常規方法通常無法滿足科研的需要。近年來發展起來的chip-chip技術將基因組dna晶元（chip）技術與染色質免疫沉澱技術（chip）相結合，為研究目的蛋白與整個基因組相互作用提供了可能。
chip-chip 技術通過標記染色質免疫沉澱富集的dn**段，和另乙個被標記不同探針的對照組樣品一起，與dna晶元雜交，再利用各種生物資訊學方法對收集到的訊號進行分析，具體的實驗步驟請參考dr. richard young在nature protocols上的文章。
chip-chip技術已經被廣泛應用於研究轉錄因子在整個基因組中的訊號網路，染色質修飾機制在基因組中的調控，dna的複製，修復以及修飾，基因的轉錄與核運輸等諸多方面。
4、染色質免疫沉澱技術還可用於分析兩種蛋白共同結合的dna序列，即chip rechip方法。chip rechip是在第一次chip的基礎上不解交聯，而繼續進行另乙個目的蛋白的免疫沉澱，從而得到與兩種目的蛋白都結合的dna序列。
值得注意的是，因為通過兩次免疫沉澱富集的dna量比較少，所以在分析時通常要把多次免疫沉澱的dna濃縮後再進行操作。
5、隨著染色質免疫沉澱技術受到廣泛的關注，運用該技術發表的文章也逐漸增多，大家越來越多的開始關注如何改進chip的方法。millipore最新推出的magna chip試劑盒，利用磁珠分離dna-蛋白-抗體複合物，提高了chip的效率，簡化了操作的過程，縮短了實驗的時間，還為同時進行多個目的蛋白的研究提供了可能，是經常使用chip技術的研究人員的理想選擇。
6、近年來chip技術也被用於研究rna-蛋白的相互作用，其原理與dna類似，也包括甲醛固定，超聲波破細胞，免疫沉澱，交聯逆轉，rna純化和rna鑑定等步驟。所不同的是，交聯逆轉只用proteinase k，要進行rna純化和不含rnase的dnase處理，分析時用rt-pcr，晶元雜交要用cdna晶元等。
做染色體免疫共沉澱CHIP一般要多少錢啊
buffer不貴bai，貴的是抗體和珠du子 zhi，抗體按2ug一管算，珠子5ml 4000 每次用量70 80ul一管 dao免疫清洗 正式內 試驗 珠容子可以 抗體不行，加上後面的dna純化，如果需要的話，再加上real time pcr的錢，大概200 400之間吧，乙個實驗樣品 呵呵，我們...
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