1樓：匿名使用者
差異表達基因分析是根據表型協變數（分類變數）鑑定組間差異表達，它屬於監督性分類的一種。在鑑定差異表達基因以前，一般需要對表達值實施非特異性過濾（在機器學習框架下屬於非監督性分類），因為適當的非特異性過濾可以提高差異表達基因的檢出率、甚至是功效。r分析差異表達基因的library有很多，但目前運用最廣泛的bioconductor包是limma。
鑑定差異表達基因是表達譜晶元分析pipeline中必須的分析步驟。差異表達基因分析是根據表型協變數（分類變數）鑑定組間差異表達，它屬於監督性分類的一種。在鑑定差異表達基因以前，一般需要對表達值實施非特異性過濾（在機器學習框架下屬於非監督性分類），因為適當的非特異性過濾可以提高差異表達基因的檢出率、甚至是功效。
r分析差異表達基因的library有很多，但目前運用最廣泛的bioconductor包是limma。
2樓：夢哆拉
這個是可以改變的，如果覺得2倍的話選的基因不足，可以增大
請教關於韋恩圖分析差異表達基因的問題
基因表達譜測序怎麼與表型資訊結合
3樓：土豆檸檬絲
通常的做法如下
一般情況是表型差異的做case組和control組，一般做3個生物學重複（有一些老師為了省錢不做，現在很多雜誌的要求生物學重複，如果是新物種可以考慮不做）
分析差異基因，現在卡的閾值一般情況是 倍數為2倍，統計學檢測為p=0.05(有老師為了準確性以fdr卡統計學檢測）
對差異基因做pathway和go分析，基於訊號通路與表型聯絡起來舉個例子，棉花中抗鹽的兩組的表達譜分析，找到與抗鹽脅迫相關的訊號通路，然後找關鍵基因座q-pcr驗證，如果有實驗條件可以最關注基因做敲低表達或調高表達分析。
差異基因分析pvalue，fdr是怎麼計算的
4樓：迷途崽崽
在利用rna-seq資料比較分析兩個樣品中同乙個基因是否存在差異表達的時候，一般選取兩個標準：
i）foldchange
foldchange，很容易理解了。就是兩樣品中同乙個基因表達水平的變化倍數。可以用rpkm值來計算，關於rpkm的計算方法，請參考 ii）fdr校正後的p-value，即q-valuefdr值的計算方法如下： 1）對每個基因進行p-value的計算 假設觀測到基因a對應的reads數為x，已知在乙個大文庫中，每個基因的表達量只佔所有基因表達量的一小部分，在這種情況下，p(x)的分布服從泊松分布。已知樣本一中唯一比對到基因組的總reads數為n1，樣本二中唯一比對到基因組的總reads數為n2，樣本一中唯一比對到基因a的總reads數為x，樣本二中唯一比對到基因a的總reads數為y，則基因a在兩樣本中表達量相等的概率可由以下公式計算： 因為目的基因要靠運載體進入受體細胞，然後目的基因才能在受體細胞中表達。所以基因表達載體的構建是基因工程的核心 下列關於基因表達載體的構建描述錯誤的是 a 基因表達載體的構建是基因工程的核心b 基因表達載體 a 基因表達載體使目的基因在受體細胞中穩定存在並且可以遺傳給下一代並表達和發揮作用，是基因工程... 你是想問你轉來玩lol，該玩什麼英雄合適？還是進遊戲後不會選擇英雄？如果是前者，你可以玩德瑪西亞之力，可以玩光輝女郎。這兩個英雄dota味道濃一點，容易上手。寒冰射手改版之後不太容易了，習慣adc類的就試試賞金獵手。dota2為什麼天梯不能全英雄選擇 正常，因為現在天梯大家都是套路就那麼幾個英雄出場... lz您好.因為中前期較少實用的水系精靈,相比之下火系精靈較多,草系雖然精靈不多但是普通特性的草主角那個種族值通關不敢恭維 所以確實有早期選水主角遊戲難度會低一點的說法,火主角也不算壞,由於第二個瑪錢的那個道館是毒系的,草主角直接坐等前期就悲劇,不等級壓制還真不好過.精靈好壞?如果你的精靈不是同一種類...為什麼基因表達載體的構建是基因工程的核心
緊急求助，為什麼我玩Dota2沒法選英雄
口袋妖怪黑白2，為什麼說開始選的精靈決定遊戲難度？往後不都要換嗎。還有如何比較精靈的好壞