1樓:植物網
「普通的基因測序
」應該是指「常規dna測序」吧,是用sanger法(也就是雙脫氧法版)進行測序的方法,權目前非常普遍的是直接用abi 3730xl 進行的自動測序,基本上可以做到600bp-800bp的讀長。
高通量測序的概念其實是乙個相對的概念,在2023年的時候,3700、megabace等儀器上的測序也是高通量測序,是相對手工測序或者跑平板膠來說的。
不過到2023年以後,高通量測序就改指第二代測序(next generation sequencing),454、solexa(後改為illumina)和solid等第二代測序,比3730等第一代測序的通量提高了成千上萬倍,甚至上億倍,所以稱為高通量測序。
ngs的特點主要有:
1、通量高。乙個run能產生500mb-600gb的資料量。
2、讀長相對較短。454(約400-500bp),llumina(100-250bp),solid(75-100)。
3、單位資料的成本非常低。現在很多專案測序的費用。已經非常低。生物資訊分析成本變得更為重要了。
一代測序、二代測序和三代測序各有什麼優勢?
2樓:星閃閃傳奇
第一代指雙脫氧末端終止法,擴增後通過毛細管電泳讀取序列,每次獲取資料量少
第二代為高通量測序,採用微珠或高密度晶元邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數g資料,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大訊號,擴增後再檢測。
第三代特點是單分子測序,多基於奈米科技,無需擴增,對單分鏈dna/rna直接用合成、降解、通過奈米孔等方式直接測序,核心特點是無需擴增所以成本更低
一代測序,二代測序,三代測序的優點缺點分別是什麼,求大神賜教
3樓:earth鏡中花朵
第一代指雙脫氧末端終止法,擴增後通過毛細管電泳讀取序列,每次獲取資料量少
第二代為高通量測序,採用微珠或高密度晶元邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數g資料,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大訊號,擴增後再檢測。
第三代特點是單分子測序,多基於奈米科技,無需擴增,對單分鏈dna/rna直接用合成、降解、通過奈米孔等方式直接測序,核心特點是無需擴增所以成本更低
dna 的 1代測序,2代測序,3代測序的區別是什麼啊?
4樓:垠元
第一代測序:指雙脫氧末端終止法,擴增後通過毛細管電泳讀取序列,每次獲取資料量少。
第二代測序:為高通量測序,採用微珠或高密度晶元邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數g資料,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大訊號,擴增後再檢測。
第三代測序:特點是單分子測序,多基於奈米科技,無需擴增,對單分鏈dna/rna直接用合成、降解、通過奈米孔等方式直接測序,核心特點是無需擴增所以成本更低。
5樓:匿名使用者
你說的1代2代指的是子代1代,2代嗎?原本的雙鏈dna就是親代,以親本為模板複製產生的子代dna就是子1代,子2代.....
第二代高通量測序都有哪些平台
6樓:上海基研生物
illumina公司的solexa測序平台,目前主流的型號的hiseq-2500,以及hiseq-2000,資料通量在每張flow cell 300g資料,每次最多可以上2張flow cell,單張flow cell執行時間大約在11天左右。讀長通常是100bp,據說近期有了長度上的突破。還有乙個型號是miseq,該機器執行通量較小,但是讀長大約在150bp以上,常用於微生物檢測,而且該型號獲得fda認證,可以進行臨床樣本的檢測。
solexa的錯誤型別主要是顛換。
羅氏454平台,主要特點是測序長度很長,目前大於1k的測序沒有什麼難度了,比較適合基因組測序,用於搭建基因組框架,也常用於微生物基因組測序。該平台主要的錯誤型別是插入缺失。
abi的solid平台,聽說該平台不在維護了,故而不再描述。
life的ion torrent平台,目前主要有2種型號,較早的乙個型號是pgm,該測序儀原理類似於454測序,與454不同的是,454是化學反應發光進行檢測,而pgm是半導體測序,檢測h離子,如果發生了鹼基互補配對,那麼高能磷酸鍵就會釋放h離子,導致電位變化,從而根據已知加入的鹼基,就可以判斷待測序列是否與已知加入的鹼基發生互補,從而達到測序目的,測序長度可以達到400bp,主要用於微生物的檢測,錯誤型別也是插入缺失錯誤。最新的型號是ionproton,該機器與pgm測序原理一致,但是測序通量由pgm的1g資料上公升至10g資料,測序精度也較pgm有大幅度提公升,測序時間大約是1天。
pacbio的單分子三代測序,該測序儀最大的特點就是測序長度比454更長,更加有利於基因組的拼接工作,有些較小的微生物可以直接將基因組測通成環狀。
7樓:潛龍9勿用
illumina 的hiseq平台和miseq平台;羅氏的454平台;life的ion torrent平台。具體的通量、讀長等引數都可以在網上查到。
8樓:烏亞罕
華大基因公司測序平台
為什麼基因晶元和二代測序技術不能完全替代fish技術
基因晶元不屬於測序技術，屬於測序技術的平台目前有 第一代 sanger測序儀 3730xl 毛細管電泳測序儀等 第二代 illumina測序平台 ion pgm proton測序平台 cg測序平台 羅氏454測序平台 solid測序平台等 第三代 pacbio測序平台等。基因晶元是屬於第一代測序技術...
dna甲基化測序的資料怎麼分析,請問第二代DNA甲基化測序使用什麼測序儀具體原理是什麼呢
illumina近日宣布，其測序平台的軟體有了突破性的改進，能進行實時分析，並顯著降低了計算機執行設施的需求。這些軟體改進，再加上新的genome analyzer iix，讓研究人員相對genome analyzer ii而言，測序產量能提高65 然而，與當今資料越多，所需的計算能力也要相應提高的...
天然蜜蠟和二代蜜蠟的區別,二代蜜蠟與天然蜜蠟的區別
天然蜜蠟光澤明亮，顏色自然，二代蜜蠟呆板，而且顏色死悶。二代蜜蠟就是人工合成，不是天然的，看內部攪拌紋理。二代蜜蠟與天然蜜蠟的區別 一 紋路 在強光燈下，二代蜜蠟的紋路呈現為攪拌紋，紋路生硬沒有層次感，很不自然。而天然蜜蠟呈現的則是流淌紋，是形成琥珀的樹脂從樹幹上不斷淌落 變乾 再淌落覆蓋的過程中形...